Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHOX2O60902 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms