Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 AP002856.2-201ENST00000416553 584 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AL121983.2-202ENST00000419983 535 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AL035413.1-201ENST00000437898 507 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AC117945.1-201ENST00000451375 463 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 CITED1-209ENST00000453707 998 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AL355376.1-201ENST00000456082 517 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AC113391.2-201ENST00000512245 553 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 IGHV3OR16-12-201ENST00000570121 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AC137695.1-201ENST00000604126 489 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AC011451.3-201ENST00000634951 582 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 CCDC43-203ENST00000588210 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 RBFOX3-203ENST00000580155 1519 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 ARMC8-213ENST00000470821 1656 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 FES-207ENST00000444422 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 INTS14-209ENST00000567744 2419 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 NUDT2-201ENST00000346365 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 NUDT2-202ENST00000379155 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 IGF2-201ENST00000381389 1023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 CHTF8-202ENST00000398235 1073 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 FTCDNL1-203ENST00000420922 772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 MIATNB-206ENST00000444388 918 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 TRBC2-201ENST00000466254 758 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AC092612.1-201ENST00000514501 998 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AC037486.1-201ENST00000523792 790 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AP002336.2-201ENST00000528607 539 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AP002387.1-201ENST00000529369 680 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 YPEL4-209ENST00000534711 889 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 JKAMP-207ENST00000554271 2137 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 GSTZ1-210ENST00000554279 795 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AC066613.1-202ENST00000560727 630 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AC009065.6-201ENST00000568795 456 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AC023389.1-201ENST00000577846 576 ntTSL 4 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 NUDT2-204ENST00000618590 825 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 HELLS-212ENST00000630929 400 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 LIMS2-209ENST00000410038 1695 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 PSMD13-203ENST00000431206 1591 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HLA-CQ95604 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 GFRA2-208ENST00000524240 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 UBL4B-201ENST00000334179 1478 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 R3HDM2P2-201ENST00000401880 2116 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 TRMT10B-207ENST00000537911 2108 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 ZC3H14-204ENST00000336693 2007 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 OTUD6A-201ENST00000338352 1689 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 RAB37-216ENST00000613645 1653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 MT1E-202ENST00000330439 729 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 IFNA2-201ENST00000380206 1135 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 CRIP1-202ENST00000392531 485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 PEMT-204ENST00000395783 1008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AC112721.1-201ENST00000409162 588 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HLA-CQ95604 AL451069.3-201ENST00000450206 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.5 ms