Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 RAB37-216ENST00000613645 1653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 PTBP1-204ENST00000394601 3185 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AWAT1-201ENST00000374521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ARMC5-204ENST00000538189 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LRP10-203ENST00000546834 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PNMA1-201ENST00000316836 2590 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 SERINC2-206ENST00000536859 2072 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RPS9-201ENST00000302907 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RNA5SP359-201ENST00000364838 113 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 MIR557-201ENST00000385239 98 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 IGHV3-21-201ENST00000390607 430 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC131097.2-203ENST00000401641 507 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RHBDD2-203ENST00000428119 1274 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LINC00686-201ENST00000435412 332 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LINC01088-201ENST00000437737 973 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RPSAP15-201ENST00000448168 861 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 SNHG14-206ENST00000450809 677 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 EFCAB10-201ENST00000460135 717 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LINC02380-201ENST00000510956 1038 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 SBSN-202ENST00000518157 957 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LY6E-208ENST00000520531 490 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AP001160.1-201ENST00000535817 565 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AL031282.1-201ENST00000577672 409 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC090386.1-202ENST00000586610 469 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC103810.10-201ENST00000606504 343 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AL022334.2-201ENST00000610000 484 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CNOT7-213ENST00000628418 432 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 TPM3-205ENST00000328159 1771 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LINC01671-201ENST00000419628 1775 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RNF166-210ENST00000568683 1768 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ALAS2-201ENST00000330807 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ANO10-213ENST00000451430 2019 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CCNH-201ENST00000256897 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 OXNAD1-202ENST00000435829 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 KIAA0513-207ENST00000567328 1873 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 TUBA3C-202ENST00000618094 1386 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 HOGA1-202ENST00000370646 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ZCCHC17-202ENST00000373714 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 GSPT2-201ENST00000340438 2802 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PRMT7-203ENST00000449359 2091 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RPARP-AS1-202ENST00000492465 1556 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AP002353.1-201ENST00000528257 1599 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ODF2L-204ENST00000370566 2155 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RASGEF1B-202ENST00000335927 1756 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CBX3-201ENST00000337620 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC104640.1-201ENST00000562617 2109 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 SSBP1-201ENST00000265304 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LINC01006-202ENST00000418309 640 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC060234.1-201ENST00000422966 474 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AL080250.1-201ENST00000438676 445 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LTBR-209ENST00000541102 1084 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 SLIRP-210ENST00000557431 725 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 DRG2-220ENST00000583355 891 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC079336.4-201ENST00000584219 408 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PIN1-207ENST00000588695 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 SIGLEC18P-201ENST00000602271 909 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RNFT2-203ENST00000392549 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 NMBR-201ENST00000258042 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 STAG3L2-201ENST00000426587 2130 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ACTG1P17-202ENST00000560958 1662 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LRIF1-202ENST00000485275 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 EBP-205ENST00000495186 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 GPI-205ENST00000586425 1799 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 BNIP1-201ENST00000231668 1339 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 NOX5-209ENST00000530406 2289 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LINC00665-206ENST00000590622 1749 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
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