Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 AL031430.1-201ENST00000642067 1039 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 NIT1-203ENST00000368009 1362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 LINC02551-202ENST00000533812 2203 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 ING1-203ENST00000375774 2870 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 LAMP5-202ENST00000427562 1309 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 CCDC169-SOHLH2-201ENST00000511166 2051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 OPN1SW-201ENST00000249389 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 IL37-204ENST00000352179 709 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 RPP25L-202ENST00000378959 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 DIO1-203ENST00000388876 606 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 UBE2I-206ENST00000403747 1217 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 MIR1301-201ENST00000408518 82 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 CCDC12-202ENST00000425441 1097 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 RHBDD2-203ENST00000428119 1274 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 SLC25A15P1-201ENST00000456738 342 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 CALCA-205ENST00000486207 851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 C10orf91-203ENST00000490765 462 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 SLC25A15P3-201ENST00000505530 290 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 RPS23-204ENST00000507980 836 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 DIO1-204ENST00000524406 626 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 DIO1-213ENST00000532493 406 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 PRR13-209ENST00000549924 625 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 MIR4783-201ENST00000580343 82 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 UBA52-214ENST00000599595 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 AC005041.3-201ENST00000606287 649 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 AC004908.3-201ENST00000610248 625 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 AC002044.2-201ENST00000624910 970 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 PGA5-201ENST00000312403 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 MPI-203ENST00000535694 1523 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 KLC4-204ENST00000453940 1945 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 KRT8P21-201ENST00000430398 1491 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 TNFRSF1A-202ENST00000366159 1339 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 PTGER4P2-201ENST00000328411 252 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 MRPS11-202ENST00000353598 766 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 GYG2-201ENST00000353656 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 PLA2G2A-201ENST00000375111 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 TRBV4-1-201ENST00000390357 373 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 TRBV4-2-201ENST00000390392 455 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 ZNF286A-201ENST00000395893 654 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL9A1P20849 ACTG1P19-201ENST00000418987 1116 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms