Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 TMEM230-202ENST00000342308 1562 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 U2AF1L4-201ENST00000292879 729 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 OBSCN-AS1-201ENST00000295012 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 HIST1H2AE-201ENST00000303910 509 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 CST1-201ENST00000304749 760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 LCE3B-201ENST00000335633 288 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 TOMM20L-201ENST00000360945 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 BCAS2P2-201ENST00000425064 674 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC093909.3-201ENST00000504783 336 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 ZNF530-203ENST00000597864 634 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 DGAT2L7P-201ENST00000602462 744 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC010976.2-201ENST00000609697 852 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC011471.3-201ENST00000623576 402 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 HHEX-202ENST00000472590 1605 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 ZNF587-203ENST00000423137 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 KLK3-216ENST00000617027 1341 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 INSC-208ENST00000530161 1702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 GJB1-203ENST00000374029 1587 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 CCDC51-201ENST00000395694 1560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 OXA1L-212ENST00000604262 1571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 HIF3A-218ENST00000600383 2101 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 HTR3A-202ENST00000355556 2331 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL4A4P53420 GTF3C6-201ENST00000329970 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 C7orf61-201ENST00000332375 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 PUS10-202ENST00000398658 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 HIGD1A-203ENST00000430190 741 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 PTPA-215ENST00000432124 567 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 AC061961.1-201ENST00000443901 432 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 AC084030.1-201ENST00000455068 561 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 DMKN-256ENST00000492341 738 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 AC084752.1-201ENST00000509766 622 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 CHTF8-204ENST00000518041 567 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 RTN4RL2-203ENST00000533205 637 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 SLC25A21-203ENST00000555449 1023 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 TGFB3-204ENST00000556285 1280 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 AC007952.4-201ENST00000573866 637 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 THY1-209ENST00000580275 578 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 RN7SL470P-201ENST00000583069 259 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 AP005131.2-201ENST00000589045 487 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 AC005759.1-202ENST00000599416 415 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 AL136040.2-201ENST00000618431 1130 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 ARNT2-209ENST00000622346 2932 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 CCDC51-206ENST00000447018 1461 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 CLIC5-208ENST00000544153 2051 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 HSD17B6-207ENST00000555805 1722 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 ELP5-203ENST00000396627 1389 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 WDR5-201ENST00000358625 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 ZNF619-201ENST00000314686 2233 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 AC079336.5-201ENST00000581360 2480 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 ZNF84-215ENST00000543758 3501 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 GSTCD-206ENST00000507281 2091 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 FERD3L-201ENST00000275461 640 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 LCE2C-201ENST00000368783 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 APOA1-203ENST00000375320 940 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 PLAC9P1-201ENST00000397540 389 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 FKBP11-202ENST00000444214 630 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 TXNRD2-206ENST00000462330 1129 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 RNA5SP417-201ENST00000516459 108 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 AP003398.1-201ENST00000531124 318 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 MESP2-203ENST00000560219 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 AC015917.2-201ENST00000580714 493 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 ZNF350-AS1-202ENST00000600253 577 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 AP000322.3-201ENST00000608665 388 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 HMGB1P24-201ENST00000611897 328 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 AIFM1-209ENST00000535724 2468 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 RNF157-AS1-204ENST00000590137 1812 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 NUP62-212ENST00000597723 1824 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 ADAM15-201ENST00000271836 2799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 JKAMP-207ENST00000554271 2137 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 RHOXF1P3-203ENST00000640298 2668 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 XKRX-202ENST00000468904 2249 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL4A4P53420 COX11-201ENST00000299335 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms