Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 VPS52-212ENST00000445902 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 PSME3-203ENST00000541124 3366 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 ATG3-202ENST00000402314 3010 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 OGFOD3-201ENST00000313056 4287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 SREBF1-202ENST00000355815 4253 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 LDB3-209ENST00000623056 2314 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AL591623.1-201ENST00000417786 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 NR1H3-211ENST00000441012 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 RASGEF1A-202ENST00000374459 3264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 PPP1R15A-201ENST00000200453 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 CLASP2-203ENST00000359576 7141 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 YTHDF3-216ENST00000623280 5193 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 TPM3-208ENST00000341485 2063 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 MPHOSPH10-205ENST00000498451 2068 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 NR1H3-221ENST00000481889 1704 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 CDC25B-205ENST00000439880 3096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 MLLT11-201ENST00000368921 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 MARK1-201ENST00000366917 2946 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIG3P49916 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 PRAME-214ENST00000543184 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 PCDHB5-201ENST00000231134 3408 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 APBB3-201ENST00000354402 1810 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 RILPL1-202ENST00000376874 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 TDRD5-204ENST00000444136 3946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 SNPH-203ENST00000614659 5354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 TGFBR3-204ENST00000465892 2908 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 DTD2-201ENST00000310850 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 KIRREL3-205ENST00000529097 3397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 KDM6B-201ENST00000254846 6713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 OTULIN-201ENST00000284274 7800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 AL359643.2-201ENST00000606227 3273 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 HSPB7-202ENST00000375718 2415 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 PRDM16-203ENST00000378391 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 ZNF133-203ENST00000377671 2701 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 CHMP7-202ENST00000397677 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 DNM1P51-202ENST00000558801 8752 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 TMPRSS3-203ENST00000398405 2754 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIG3P49916 LDLR-202ENST00000455727 2333 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LIG3P49916 ITGB2-208ENST00000397857 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LIG3P49916 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LIG3P49916 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LIG3P49916 SPATS2-223ENST00000553127 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LIG3P49916 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LIG3P49916 CYP20A1-201ENST00000356079 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LIG3P49916 IL20RA-207ENST00000541547 3382 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LIG3P49916 PPP1R3D-201ENST00000370996 3630 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
LIG3P49916 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
LIG3P49916 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.9 ms