Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 UPB1-201ENST00000326010 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 EVL-201ENST00000392920 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SHISA9-203ENST00000558583 6724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 UBXN11-204ENST00000374217 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 HOXC11-202ENST00000546378 3261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ITSN1-210ENST00000399353 3913 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC012617.1-204ENST00000586340 2305 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ABCG1-205ENST00000398449 2998 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SLC12A8-207ENST00000469902 2989 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 BOLL-203ENST00000392296 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ZNF846-201ENST00000397902 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 FOXL1-201ENST00000320241 3655 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 KBTBD4-202ENST00000430070 2372 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 NAA60-202ENST00000407558 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TAF4B-203ENST00000578121 3204 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PRPS1-204ENST00000372435 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 NKIRAS2-201ENST00000307641 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CYB5D2-201ENST00000301391 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 BCL2L11-219ENST00000619294 5132 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 KIF17-201ENST00000247986 3969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 COL6A2-201ENST00000300527 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 C1QB-201ENST00000314933 1044 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 OR2I1P-210ENST00000642037 4691 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 KCNC3-202ENST00000474951 3347 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC004890.2-205ENST00000416232 2804 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 DCTN1-203ENST00000409240 4365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CDH20-201ENST00000262717 3882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC148477.2-201ENST00000537762 3039 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 USP4-203ENST00000415188 1454 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 RNF157-AS1-204ENST00000590137 1812 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 FAM219A-209ENST00000445726 3644 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ADCY2-201ENST00000338316 6575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MARK3-205ENST00000429436 3371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 FOXRED2-201ENST00000216187 3933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SGK2-201ENST00000341458 2498 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ARMC5-202ENST00000408912 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 RSPH6A-203ENST00000600188 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PAK1-201ENST00000278568 2543 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MARVELD3-201ENST00000268485 2912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 GATB-201ENST00000263985 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SELPLG-202ENST00000388962 1613 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ACER2-201ENST00000340967 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CAB39-201ENST00000258418 3826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AP000808.2-201ENST00000542410 569 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ADK-205ENST00000539909 1866 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TPRX1-202ENST00000535759 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CDH1-213ENST00000612417 2068 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CAMK2D-204ENST00000394522 2696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ILF2-205ENST00000615950 1906 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 INSC-208ENST00000530161 1702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.9 ms