Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 TARS2-203ENST00000369054 1998 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 CYP4F22-202ENST00000601005 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 NEK2-201ENST00000366998 1865 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 CHEK2-204ENST00000382580 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AL672291.1-201ENST00000417047 462 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 CSTF3-202ENST00000431742 715 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AL590617.2-201ENST00000432673 917 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 TNF-208ENST00000449264 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 PFN2-206ENST00000461930 606 ntTSL 4 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 PRKRA-211ENST00000487082 1211 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AC093627.5-203ENST00000497320 746 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 PGRMC2-206ENST00000512483 1144 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 IGHVIII-5-2-201ENST00000522505 261 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 UBE3B-206ENST00000536398 1120 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 PGAM1P5-201ENST00000548011 764 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 MIR4706-201ENST00000582134 82 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 SNRPD2-206ENST00000588301 702 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AC008763.1-201ENST00000601797 843 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 MIR6769A-201ENST00000617340 73 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 F8-201ENST00000330287 2620 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 SLC35G3-201ENST00000297307 2004 ntAPPRIS P1 BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AGPAT1-201ENST00000336984 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 LINC01864-201ENST00000587218 1661 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 SLC26A11-203ENST00000546047 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 ASCC2-201ENST00000307790 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 SPAG11A-203ENST00000351436 534 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 SPAG11B-204ENST00000361111 534 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 Metazoa_SRP.6-201ENST00000366384 298 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 ANKDD1A-203ENST00000395723 1250 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AC026316.1-201ENST00000398900 414 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 TSPY25P-201ENST00000429463 745 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AL139246.4-201ENST00000442305 514 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 SHBG-207ENST00000570547 801 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AC008763.2-203ENST00000595866 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AL031665.1-201ENST00000619766 572 ntTSL 4 BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 POLR1E-202ENST00000377798 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 C1QTNF9-201ENST00000332018 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 EPHX1-202ENST00000366837 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 FBXL21-202ENST00000467490 1742 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 INSC-208ENST00000530161 1702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 CNOT10-202ENST00000331889 2573 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC18.35■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 SNRPN-203ENST00000400097 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 PCCB-215ENST00000482086 1436 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 TBC1D3J-201ENST00000620719 1426 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 BCL2L13-206ENST00000399782 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 FRMPD2B-201ENST00000431305 1347 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 TXNDC5-204ENST00000473453 1301 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 HDDC2-202ENST00000398153 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AC026320.2-201ENST00000434379 478 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 SRSF10-211ENST00000484146 1089 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AC019193.1-201ENST00000506678 823 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 TP53AIP1-205ENST00000531399 806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 GEMIN7-204ENST00000591747 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 ATRAID-207ENST00000606999 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 AL353726.2-201ENST00000623259 884 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 STOML1-206ENST00000561656 1833 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
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