Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 RASGEF1C-202ENST00000393371 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TRIM46-202ENST00000368382 3127 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC007388.1-204ENST00000449569 2517 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 RAPGEF4-201ENST00000397081 4299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 FAM163A-201ENST00000341785 2909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SEC63-201ENST00000369002 6411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TRMT1-217ENST00000592062 2579 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC092135.3-201ENST00000624151 1846 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 KRTAP10-7-201ENST00000609664 1578 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 UBQLN1-202ENST00000376395 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MLF1-201ENST00000355893 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 C1R-201ENST00000535233 2211 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 RUFY1-204ENST00000437570 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AFAP1L1-205ENST00000515000 2319 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 RPS15-201ENST00000233609 534 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 B9D1-201ENST00000261499 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ARL2-204ENST00000529384 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 RPS15-205ENST00000586686 562 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 RPS15-208ENST00000591804 711 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 RPS15-209ENST00000592588 510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC004466.1-201ENST00000599515 1080 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 COL6A2-202ENST00000310645 3446 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SDCBP2-AS1-201ENST00000446423 1811 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MIOS-201ENST00000340080 3453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 NUCB1-201ENST00000405315 2668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CACNA2D4-220ENST00000585732 2566 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PSD2-201ENST00000274710 4513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 UBXN11-206ENST00000374222 2043 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 NRG2-209ENST00000541337 3723 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CMBL-201ENST00000296658 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 GABRA1-201ENST00000023897 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TTC8-203ENST00000346301 2058 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TAB1-201ENST00000216160 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SEMA3F-202ENST00000413852 3212 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SLC35C2-201ENST00000243896 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SLCO2B1-217ENST00000532236 2593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 FNDC1-201ENST00000297267 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TIGD1-201ENST00000408957 2625 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TNFRSF14-202ENST00000409119 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SPATA3-204ENST00000433428 856 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ATP6AP2-213ENST00000636251 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SPECC1-202ENST00000395522 2982 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 THY1-206ENST00000528522 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC007603.1-201ENST00000563124 2085 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 NFATC4-221ENST00000555453 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 DDR1-271ENST00000513240 2882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MTRF1L-202ENST00000367231 3539 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms