Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 BLVRA-201ENST00000265523 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 FAU-201ENST00000279259 461 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 AC245369.1-201ENST00000390634 434 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 PYM1-203ENST00000408946 1226 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 OR51A9P-201ENST00000422578 911 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 EFNA4-203ENST00000427683 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 AL354861.1-201ENST00000445213 355 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 AL135901.1-201ENST00000451812 333 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 ROPN1B-203ENST00000505382 713 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 KCNK16-205ENST00000507712 889 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 CARD18-202ENST00000530950 652 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 URB1-AS1-201ENST00000534991 831 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 SNRPF-205ENST00000553192 552 ntTSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 BRSK1-203ENST00000585418 1104 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 RNF103-CHMP3-202ENST00000604011 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 AC087821.1-201ENST00000623639 567 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 AC044839.1-204ENST00000634777 1058 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 FBXL12-201ENST00000247977 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 TMEM9-204ENST00000367334 1529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 AL359915.2-205ENST00000418015 1529 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 CSF2RA-219ENST00000501036 1622 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 RASSF3-202ENST00000336061 1030 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 SURF4-203ENST00000371991 715 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 ZNRD1-203ENST00000376782 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 AF274858.1-201ENST00000406288 372 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 AL590730.1-201ENST00000426283 398 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 DEPDC1-AS1-201ENST00000428732 1247 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 IGHV3-43-201ENST00000434710 434 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 AC117945.1-201ENST00000451375 463 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 PGAP2-212ENST00000464906 1259 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 RN7SL69P-201ENST00000468423 272 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 AP004550.1-201ENST00000532652 514 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 MSRB3-206ENST00000535664 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 LINC02440-201ENST00000545276 680 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 ACTN1-AS1-202ENST00000553961 599 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 TRAPPC2L-212ENST00000567312 499 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 FAM236A-201ENST00000593662 453 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 FAM236B-201ENST00000596535 465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 TTC23L-209ENST00000638320 1185 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 GPSM3-207ENST00000375043 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 WIPI1-201ENST00000262139 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 SLC50A1-202ENST00000368401 1166 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 PDCD5-202ENST00000379316 154 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
COL9A1P20849 AL583805.1-201ENST00000391389 531 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 149.1 ms