Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 LINC00665-203ENST00000438368 1863 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 KCNG4-202ENST00000568181 2199 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 CDC37-201ENST00000222005 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 HYAL1-209ENST00000618175 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 GFRA2-208ENST00000524240 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 GRK5-202ENST00000392870 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 AC073082.1-201ENST00000602369 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 DDX49-201ENST00000247003 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 CCT4-201ENST00000394440 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 SLC32A1-201ENST00000217420 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 CECR7-202ENST00000441006 2726 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 NEU2-201ENST00000233840 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 ERBB3-202ENST00000411731 1027 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 EPDR1-203ENST00000425345 947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 Z93015.1-201ENST00000451718 390 ntBASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 LILRA5-204ENST00000486742 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC092944.1-202ENST00000487238 483 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 ALG3P1-201ENST00000508806 1114 ntBASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 HYAL3-206ENST00000513170 636 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 HDAC2-AS2-213ENST00000520891 603 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC108134.4-201ENST00000570700 302 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 BX088702.1-201ENST00000610784 235 ntBASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 LINC00623-205ENST00000621058 767 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 MLLT10-216ENST00000621220 381 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AP001002.3-201ENST00000623482 206 ntBASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 GPC3-202ENST00000394299 2379 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 SLC26A1-202ENST00000398516 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 TNFRSF14-AS1-201ENST00000416860 3522 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 ZCCHC17-202ENST00000373714 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 SCYL1-208ENST00000527009 2586 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 PKN2-201ENST00000316005 2632 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 ACSF2-202ENST00000427954 2251 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 CCR7-203ENST00000579344 1874 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 ATP6AP2-213ENST00000636251 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 NUP93-201ENST00000308159 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 C11orf16-201ENST00000326053 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC015818.8-201ENST00000587907 1519 ntBASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 PIDD1-202ENST00000411829 2886 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 DYRK1A-203ENST00000398956 1590 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 KCNN2-201ENST00000264773 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 ARIH2-205ENST00000449376 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 MRPL34-201ENST00000252602 968 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 TPD52L2-207ENST00000369927 1094 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 VCX3B-201ENST00000381029 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 CRIP1-202ENST00000392531 485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 MRPL23-204ENST00000397297 613 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC079178.1-201ENST00000420915 656 ntBASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 RPSAP36-202ENST00000494591 1261 ntBASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 CCDC153-204ENST00000503566 1295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 LYRM9-204ENST00000503642 432 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC100850.1-201ENST00000506768 649 ntBASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 NAPSB-201ENST00000525179 678 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 SLC26A11-203ENST00000546047 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 RBM46-204ENST00000514866 2315 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 INHBE-201ENST00000266646 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 TIGD4-201ENST00000304337 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 KLC4-204ENST00000453940 1945 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 LINC01285-201ENST00000412422 2289 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC060234.2-201ENST00000428825 1610 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 107.8 ms