Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 KLK3-216ENST00000617027 1341 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 LINC00665-205ENST00000585356 1557 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 APOA1-202ENST00000359492 932 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 AK1-202ENST00000373156 757 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 MIR557-201ENST00000385239 98 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 CRIP1-202ENST00000392531 485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 HDDC2-202ENST00000398153 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 ZNF226-203ENST00000413984 716 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 AL354893.2-201ENST00000423075 529 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 TSPY25P-201ENST00000429463 745 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 AL356056.1-201ENST00000437899 369 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 AL008733.1-201ENST00000440516 469 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 ANO1-AS2-202ENST00000533327 498 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 EIF1AD-211ENST00000533544 965 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 NAA40-206ENST00000542163 1035 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 C12orf10-207ENST00000549488 840 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 FXYD6-FXYD2-202ENST00000614497 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 MVK-217ENST00000639206 367 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 KCNN2-201ENST00000264773 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 ASCC2-201ENST00000307790 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC87Q9NVE4 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SLC8B1-202ENST00000546737 1656 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 FAM151A-202ENST00000371304 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AC211486.1-201ENST00000275590 980 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SOD2-202ENST00000367054 815 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-48-201ENST00000390624 432 ntAPPRIS P1 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 BANF1P3-201ENST00000412556 261 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 MIR4435-2HG-204ENST00000419736 777 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 LAMA4-208ENST00000431543 1080 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 LRRC75A-AS1-209ENST00000481027 1016 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 FXYD2-205ENST00000528014 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PPFIBP1-204ENST00000535047 875 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AC125603.3-201ENST00000550742 486 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AC141586.1-203ENST00000567242 366 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 NPLOC4-209ENST00000572760 946 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 LRRC75A-AS1-226ENST00000582911 879 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RPL17P45-201ENST00000586289 509 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AC009264.1-206ENST00000592183 534 ntTSL 4 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 ALKBH7-202ENST00000596657 603 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 ADH5-213ENST00000626055 1299 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PRKAB1-210ENST00000630317 258 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SPO11-203ENST00000371263 1834 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RABL6-211ENST00000629216 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 ENDOU-203ENST00000545824 1513 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 CNN1-201ENST00000252456 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RBM4B-206ENST00000531036 1646 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 HFE-203ENST00000336625 804 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RPS9-204ENST00000391753 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.7 ms