Protein–RNA interactions for Protein: O95025

SEMA3D, Semaphorin-3D, humanhuman

Predictions only

Length 777 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA3DO95025 CHRDL1-205ENST00000482160 1537 ntTSL 2 BASIC14.51□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 CRB2-201ENST00000359999 3659 ntTSL 2 BASIC14.51□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 CFAP53-201ENST00000398545 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 ATRN-202ENST00000446916 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 CD93-201ENST00000246006 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 SCGN-202ENST00000377961 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 DDX49-201ENST00000247003 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 KLHL33-203ENST00000637228 5404 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 STAMBPL1-204ENST00000371927 4184 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AP004608.1-203ENST00000528482 3679 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 PER2-201ENST00000254657 6385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 FBXL19-201ENST00000338343 3965 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 ANKLE2-210ENST00000542657 2446 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 VPS9D1-201ENST00000389386 2748 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 MYO3A-201ENST00000265944 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 NEIL2-201ENST00000284503 2671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 PDE8B-202ENST00000333194 2572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 ZNF777-201ENST00000247930 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 RAB2A-201ENST00000262646 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 SLC26A11-203ENST00000546047 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 TAP2-201ENST00000374897 5684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 SLCO4C1-201ENST00000310954 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 RIMS3-202ENST00000372684 7235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 C3-201ENST00000245907 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 TRIM41-201ENST00000315073 3637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 TGM6-201ENST00000202625 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 MN1-201ENST00000302326 7556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 TRIM29-210ENST00000528870 2217 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 KIF19-202ENST00000389916 3643 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 NUP93-201ENST00000308159 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AC123912.2-201ENST00000594927 2409 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 RPS15-201ENST00000233609 534 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 LINC02109-201ENST00000565798 869 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 RPS15-205ENST00000586686 562 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 RPS15-208ENST00000591804 711 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 RPS15-209ENST00000592588 510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 HM13-201ENST00000335574 1809 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 DENND3-211ENST00000519811 5482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 LINC02395-201ENST00000546821 3157 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 RRP1B-201ENST00000340648 5090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
SEMA3DO95025 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.9 ms