Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 CSH2-201ENST00000336844 1173 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 CSH2-202ENST00000345366 598 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 DPM3-202ENST00000368399 517 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 NCR3-204ENST00000376073 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 TMEM52-203ENST00000378602 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 AC100827.2-201ENST00000563214 1194 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 AC145343.1-201ENST00000579629 650 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 AC005324.6-201ENST00000587972 613 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 AC020914.3-201ENST00000594712 304 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 PCBP2-OT1-201ENST00000634357 590 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 AC104640.1-201ENST00000562617 2109 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 AC244394.1-201ENST00000435000 1665 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 DEPDC7-201ENST00000241051 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 ACTA1-202ENST00000366684 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 CDCP2-201ENST00000371330 2723 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 CXorf40B-202ENST00000370404 1316 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 FAM189A2-201ENST00000257515 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 PCOLCE-201ENST00000223061 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 DUSP22-202ENST00000419235 3098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 ACOT7-203ENST00000377845 1432 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 FCGR1B-203ENST00000369384 1044 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 REEP1-202ENST00000453231 940 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 CICP12-201ENST00000455801 843 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 PGAP2-214ENST00000465307 1100 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 HNRNPA1P36-201ENST00000521313 955 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 AP003065.1-201ENST00000540912 562 ntTSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 ZNF385A-213ENST00000551771 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 VPS18-202ENST00000558474 873 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 RANGRF-205ENST00000580434 749 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 SIGLEC6-202ENST00000346477 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 LYRM1-203ENST00000412082 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 LINGO1-201ENST00000355300 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 RNFT2-203ENST00000392549 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 AC004899.1-201ENST00000424687 1714 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 THOC6-207ENST00000574549 1300 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 PPP2R5C-204ENST00000422945 4481 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 CIAPIN1-213ENST00000569370 1559 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 FOS-201ENST00000303562 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 CHAT-212ENST00000640822 1412 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 RCOR2-201ENST00000301459 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 TUBA3D-201ENST00000321253 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 HIST1H2AJ-201ENST00000333151 387 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 ERCC1-203ENST00000340192 949 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 RBM38-204ENST00000371219 760 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 GLIS3-AS1-201ENST00000451340 734 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 AC104073.2-201ENST00000453737 312 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 AC106047.1-202ENST00000467484 482 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 TPI1-206ENST00000488464 791 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 AC104241.2-201ENST00000532748 789 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 AC007406.3-201ENST00000537295 1063 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SOX4Q06945 ADIG-204ENST00000537425 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms