Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS29Q9UBQ0 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
VPS29Q9UBQ0 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS29Q9UBQ0 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 729 ms