Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC26.86■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NUP88Q99567 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms