Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A3P12111 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A3P12111 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms