Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Length 179 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AL109910.1-201ENST00000452071 1330 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 SEPT8-206ENST00000378706 4168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 MRPS7-201ENST00000245539 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 DUSP13-202ENST00000372700 781 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 PFDN6-204ENST00000395131 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 MCFD2-204ENST00000409207 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 C9orf116-205ENST00000429260 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AC129492.3-201ENST00000498285 460 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 GDNF-AS1-201ENST00000503382 604 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AC245884.6-201ENST00000515672 1067 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 CCKBR-204ENST00000531712 463 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AC106738.2-201ENST00000559802 557 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AC011474.2-201ENST00000579268 543 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AC011495.3-201ENST00000596472 427 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 ZACNP1-201ENST00000612259 710 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 LINC00854-216ENST00000636331 718 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 BNIP2-201ENST00000267859 6325 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 RPA3-201ENST00000223129 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 KRAS-202ENST00000311936 5765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AC007326.2-201ENST00000624224 7579 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 MYB-242ENST00000618728 3545 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 KANK2-201ENST00000586659 5162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 TPM2-202ENST00000360958 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 OSM-202ENST00000403389 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 ZNF789-204ENST00000448667 1055 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 PENK-202ENST00000451791 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 PAX5-211ENST00000522003 1019 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AP003171.2-201ENST00000528208 925 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 MIR3619-201ENST00000579667 83 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AC138649.2-201ENST00000615886 705 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 ACTR2-205ENST00000542850 1429 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 ACSL1-208ENST00000507295 2490 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 SLC12A8-207ENST00000469902 2989 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HDDC3Q8N4P3 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
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