Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 RPS15-205ENST00000586686 562 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 RPS15-208ENST00000591804 711 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 RPS15-209ENST00000592588 510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 HCG18-245ENST00000602550 559 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TMED1-201ENST00000214869 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 OTULIN-201ENST00000284274 7800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 UNC13B-201ENST00000378495 6303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SPAG1-202ENST00000388798 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 RPS6KL1-201ENST00000354625 5195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 MAU2-201ENST00000262815 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NOL4L-202ENST00000326071 701 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PPIE-203ENST00000372830 1198 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 RAB1A-201ENST00000398529 1198 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CENPBD1P1-203ENST00000479047 569 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 Z84485.1-202ENST00000499560 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NDUFV2P1-201ENST00000596415 907 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC244157.2-201ENST00000616239 1006 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 FAM83A-201ENST00000276699 1858 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 LINC01978-202ENST00000574526 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 BCL2L11-219ENST00000619294 5132 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SPATA33-210ENST00000611218 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CSAG1-202ENST00000370287 875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TMEM239-202ENST00000380585 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 IGHV3-53-201ENST00000390627 571 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 LINC01762-204ENST00000434879 436 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ATP6V0CP2-201ENST00000469409 207 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 HIST2H2BC-201ENST00000498492 580 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PARP8-206ENST00000503665 572 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC104241.2-201ENST00000532748 789 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC104758.2-201ENST00000562716 483 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SLC6A13-201ENST00000343164 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PCDH17-201ENST00000377918 8232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SMPDL3A-201ENST00000368440 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.3 ms