Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CEP128-201ENST00000216517 1606 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TAMM41-205ENST00000444133 1619 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 LINC01165-201ENST00000445190 1623 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 NRSN2-201ENST00000382285 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 Z69890.1-201ENST00000382990 339 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC012442.2-201ENST00000414784 425 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AL672291.1-201ENST00000417047 462 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 MIR4435-2HG-204ENST00000419736 777 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AL157407.1-201ENST00000435784 904 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SKA2-202ENST00000437036 625 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC061961.1-201ENST00000443901 432 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC006122.1-201ENST00000493323 440 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 DNM1P51-201ENST00000558149 522 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC027237.1-201ENST00000560942 655 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 NPTN-204ENST00000562924 1094 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC145207.3-201ENST00000576784 529 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 RNF146-211ENST00000609447 607 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 MYOZ3-209ENST00000615557 1031 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC005618.3-201ENST00000624928 458 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PRKAB1-210ENST00000630317 258 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ASGR1-201ENST00000269299 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CYP4B1-202ENST00000371919 1494 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 RAN-210ENST00000541630 1475 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TMEM242-201ENST00000367144 1030 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 HDDC2-202ENST00000398153 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CNRIP1-202ENST00000409559 644 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 LINC01868-201ENST00000414965 562 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 GOSR2-203ENST00000415811 2171 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SLC13A3-205ENST00000417157 876 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 LAMA4-208ENST00000431543 1080 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 HLA-DQB2-232ENST00000437316 1214 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AL020996.1-201ENST00000442055 435 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 GLIS3-AS1-201ENST00000451340 734 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC006455.8-201ENST00000451381 351 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AL138731.1-201ENST00000452624 739 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AP003398.1-201ENST00000531124 318 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 DCTPP1-202ENST00000565758 749 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC068025.1-201ENST00000577218 762 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC145207.8-201ENST00000580897 563 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ZNF790-AS1-203ENST00000588906 850 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AP001527.2-201ENST00000614441 631 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 MUC1-226ENST00000614519 1093 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AP001184.1-201ENST00000637936 376 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC144522.1-201ENST00000625111 1658 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC090502.4-201ENST00000551714 1386 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CNN1-201ENST00000252456 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 KIF22-208ENST00000569382 2020 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SELENOS-201ENST00000398226 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 161.5 ms