Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 LAIR1-209ENST00000434277 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AL590440.2-201ENST00000641973 1595 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 FP565260.6-203ENST00000620015 1435 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 GDPGP1-201ENST00000329600 1193 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 MAPK13-202ENST00000373759 1036 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 KCNE1-203ENST00000399286 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AL391415.1-201ENST00000439844 400 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 UPK1A-AS1-201ENST00000443196 795 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 EIF5A2-205ENST00000487522 565 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AC092862.1-201ENST00000541534 533 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AC015712.5-201ENST00000558568 564 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AC129507.4-201ENST00000570501 411 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 ANAPC11-206ENST00000571874 636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 SPO11-203ENST00000371263 1834 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 LINC00339-208ENST00000634934 1518 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 ABCB8-212ENST00000477719 1625 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 MC3R-201ENST00000243911 1084 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 RBM4-203ENST00000398692 921 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 FTCDNL1-203ENST00000420922 772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AL929302.1-201ENST00000426556 871 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 TAC3-208ENST00000441881 731 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 LINC01563-201ENST00000456235 750 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 RBM4-207ENST00000506523 654 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 DUT-207ENST00000559416 635 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 CYP4F36P-201ENST00000589193 186 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 TAC3-211ENST00000615887 1120 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 SERPINB6-206ENST00000380546 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 IQCJ-201ENST00000397832 1460 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 RUSC1-202ENST00000368347 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 SULT1A1-201ENST00000314752 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 SURF4-203ENST00000371991 715 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 CXCL12-205ENST00000395794 1052 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AL158166.1-201ENST00000433110 371 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 LINC02171-201ENST00000508619 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AP000866.5-201ENST00000531241 445 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AC226150.1-201ENST00000544259 466 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 SRP14-204ENST00000558720 780 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 PGPEP1-206ENST00000597431 545 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 LRRC6-205ENST00000519595 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AC108734.2-201ENST00000420887 1069 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 PTPA-215ENST00000432124 567 ntTSL 4 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 DMKN-229ENST00000467637 827 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 S100A2-205ENST00000487430 752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 LINC01485-202ENST00000520324 566 ntTSL 4 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AP005264.6-204ENST00000588436 719 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 C12orf76-209ENST00000615315 1580 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 FMR1-215ENST00000616382 1648 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 VEGFA-201ENST00000230480 993 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 C2orf70-201ENST00000329615 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 RNVU1-8-201ENST00000364272 125 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 HLA-DRB5-201ENST00000374975 1260 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AL935212.1-201ENST00000377548 906 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AC097103.2-201ENST00000504670 602 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AC079949.1-201ENST00000541419 505 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 ZNF677-204ENST00000594681 935 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 TRMT10B-207ENST00000537911 2108 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 SDHAF2-201ENST00000301761 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 NAA60-203ENST00000414063 2619 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 UBA6-202ENST00000420827 1664 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
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