Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 LRCH1-202ENST00000389797 3314 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ABI3-201ENST00000225941 2109 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 DDHD2-201ENST00000397166 4921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 COG3-201ENST00000349995 4498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC005264.1-201ENST00000587587 2319 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 EPHA2-201ENST00000358432 3964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GSN-203ENST00000373808 2664 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 RASSF5-201ENST00000577571 3496 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC007686.3-201ENST00000619017 3487 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 SPDYE7P-201ENST00000355920 1064 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ACTBP8-201ENST00000403258 1108 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AL583835.2-202ENST00000421363 1104 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 LINC01248-201ENST00000458264 468 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AKIP1-210ENST00000534147 1022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AFF1-201ENST00000307808 9390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ARFGAP1-203ENST00000370283 3281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 LILRP2-201ENST00000413439 2127 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ZSCAN30-212ENST00000639929 1305 ntTSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 FABP1-202ENST00000393750 1839 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 RAI2-204ENST00000451717 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 WBP2-215ENST00000591399 2225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GPAT2-202ENST00000434632 3061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 C1QB-201ENST00000314933 1044 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CFLAR-203ENST00000341222 1283 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PRDX5-203ENST00000352435 596 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 TREML1-201ENST00000373127 1194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 YBX1P6-201ENST00000442962 1002 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 BCRP2-202ENST00000447763 634 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 BCRP6-201ENST00000510112 632 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 BCRP7-201ENST00000511549 544 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GTF2H2-204ENST00000517900 659 ntTSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
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CHD3Q12873 AP003171.2-201ENST00000528208 925 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 FOS-206ENST00000555347 1280 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC025810.1-201ENST00000569986 981 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ZDHHC3-201ENST00000296127 3101 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PSD-209ENST00000611678 3382 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 TCF7-218ENST00000520958 1408 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GLUL-202ENST00000331872 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AAK1-202ENST00000409068 2606 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AATBC-203ENST00000448247 1889 ntTSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 HGNC:18790-203ENST00000433139 2254 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AP1S3-206ENST00000443700 1785 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CSH1-201ENST00000316193 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 FCGR1B-203ENST00000369384 1044 ntTSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC13.06□□□□□ -0.32
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