Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AL645937.2-201ENST00000396808 931 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 DUOXA1-210ENST00000559014 1965 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 PODN-201ENST00000312553 3010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 ISPD-202ENST00000407010 5524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 COX10-AS1-202ENST00000449363 1944 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 LMX1B-201ENST00000355497 5809 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 LINC01250-201ENST00000457478 2344 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 RSPH6A-202ENST00000597055 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 COG3-201ENST00000349995 4498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 PLEKHG3-202ENST00000394691 4397 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 UNC13B-201ENST00000378495 6303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 UBXN2B-201ENST00000399598 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 C10orf62-201ENST00000370640 1208 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 CRYAA-203ENST00000398133 600 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AL731661.1-201ENST00000438217 758 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 HHEX-203ENST00000492654 808 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 FP236240.1-202ENST00000624019 601 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 KIAA1211-206ENST00000541073 4117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AK4-202ENST00000395334 6998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 MAP4K1-210ENST00000591517 2700 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 NR4A3-201ENST00000330847 4982 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 RCOR2-201ENST00000301459 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 DCTN1-203ENST00000409240 4365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 TOM1L1-201ENST00000348161 1895 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 LATS2-201ENST00000382592 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 OPA1-204ENST00000361828 6381 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 COBL-203ENST00000395542 5339 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 FXYD6-201ENST00000260282 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 MAEL-202ENST00000367872 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 MCHR2-201ENST00000281806 2368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 RTKN-202ENST00000272430 2142 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.5 ms