Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 NR3C1-201ENST00000231509 3556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 RUSC1-204ENST00000368352 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP45-202ENST00000539243 4184 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PROM2-203ENST00000403131 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 KCTD7-201ENST00000275532 4795 ntTSL 4 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 GPRC5C-202ENST00000392627 2988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 RPGRIP1-210ENST00000556336 2955 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PNPLA3-201ENST00000216180 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC018442.1-201ENST00000421439 2061 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TMEM104-201ENST00000335464 4745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 MST1P2-201ENST00000457982 2291 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CLCNKA-201ENST00000331433 2475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 LINC00924-202ENST00000556053 2682 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CPSF7-201ENST00000340437 3695 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 HDAC11-213ENST00000437379 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 EVC2-201ENST00000310917 4828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CDK16-211ENST00000518022 2022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 INHBA-205ENST00000638023 2002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MAP3K4-204ENST00000392142 5490 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PPP1CB-203ENST00000395366 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC015802.1-201ENST00000588104 1449 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CNOT3-201ENST00000221232 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 XPR1-201ENST00000367589 4126 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SLC23A1-201ENST00000348729 2299 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PAF1-201ENST00000221265 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 E2F6-201ENST00000307236 3317 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 EP400NL-206ENST00000446190 3697 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MINDY1-207ENST00000622754 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 DAAM2-201ENST00000274867 6194 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TRPM1-203ENST00000542188 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ITGB2-203ENST00000355153 2913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ADAM11-201ENST00000200557 4571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 FGFR3-201ENST00000260795 4132 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TFAP2A-213ENST00000482890 2071 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ATP8B3-201ENST00000310127 5095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PGLYRP2-201ENST00000292609 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 BCAN-201ENST00000329117 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 LRRC8D-201ENST00000337338 3950 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 IKZF1-218ENST00000615491 5637 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TMUB2-202ENST00000357984 1921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PRSS16-203ENST00000421826 1949 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 EHD1-202ENST00000359393 3618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SLC4A7-207ENST00000437179 3667 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC005562.1-201ENST00000583030 3219 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 THSD4-202ENST00000355327 9200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 KNDC1-201ENST00000304613 6793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.6 ms