Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 POMK-201ENST00000331373 1865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 KCNN3-202ENST00000358505 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 TRBJ2-6-201ENST00000390418 53 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ELP5-203ENST00000396627 1389 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 F10-203ENST00000409306 1450 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AL606748.1-201ENST00000423919 655 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AZGP1P1-202ENST00000425474 1181 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 Metazoa_SRP.100-201ENST00000447610 282 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 RN7SL396P-201ENST00000471086 295 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 RN7SL277P-201ENST00000481521 288 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ZNF124-206ENST00000543802 1292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AP005264.1-201ENST00000586226 733 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 A1BG-AS1-204ENST00000595302 2130 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 NAMA-206ENST00000605377 509 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC138466.5-201ENST00000624002 808 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SLC44A3-209ENST00000532427 1912 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SLC6A9-207ENST00000475075 1881 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 BSDC1-203ENST00000419121 1473 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 FP565260.6-203ENST00000620015 1435 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 HFE-203ENST00000336625 804 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 HLA-DMA-203ENST00000395305 777 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 PHACTR2-204ENST00000397980 745 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 IGF1-205ENST00000424202 612 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AL354861.1-201ENST00000445213 355 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 LINC01563-201ENST00000456235 750 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SPINT2-204ENST00000587090 1246 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 LETMD1-235ENST00000552739 1713 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ZNF691-206ENST00000372508 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SYCN-201ENST00000318438 573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 IDS-203ENST00000428056 1213 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC107463.1-201ENST00000508605 667 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC242426.4-201ENST00000606856 573 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 LIMS2-209ENST00000410038 1695 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 UGT3A1-204ENST00000507113 1650 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 CTNNBIP1-201ENST00000377256 451 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 DCAF7-201ENST00000415273 1220 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 UPK1A-AS1-201ENST00000443196 795 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 DUX4L50-201ENST00000455245 715 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SOX2-OT-208ENST00000477928 902 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 REEP5-205ENST00000504247 480 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 REEP5-207ENST00000513339 1139 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 MSC-AS1-204ENST00000518916 864 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 TMEM14C-205ENST00000541412 1177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ZNF586-204ENST00000598183 603 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CUX1P39880 FAM189A2-201ENST00000257515 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CUX1P39880 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CUX1P39880 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CUX1P39880 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CUX1P39880 INTS11-204ENST00000421495 1868 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CUX1P39880 TLX1NB-202ENST00000445873 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CUX1P39880 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CUX1P39880 AC009093.10-201ENST00000641956 1442 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
CUX1P39880 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CUX1P39880 PMF1-202ENST00000368277 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CUX1P39880 MIR645-201ENST00000385283 94 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85.9 ms