Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 CDK16-211ENST00000518022 2022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2B-205ENST00000441246 3839 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 JPH4-205ENST00000622501 3489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD16A-202ENST00000440843 1906 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 TRMT1-201ENST00000221504 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 SLC6A20-204ENST00000456124 2662 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00924-202ENST00000556053 2682 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 PATZ1-202ENST00000266269 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 SLC7A4-202ENST00000403586 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 HOGA1-203ENST00000370647 1999 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 IMPDH1-201ENST00000338791 2881 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 AL158070.2-201ENST00000623713 1621 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 IMPDH1-217ENST00000626419 2862 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 USP10-201ENST00000219473 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 HPGD-202ENST00000296522 3027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 INPP5B-202ENST00000373023 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 RAI14-202ENST00000428746 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 PIANP-202ENST00000534837 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 HTR3A-205ENST00000504030 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 SFI1-209ENST00000443011 3579 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 ABCC1-201ENST00000399408 6594 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 ABCC1-202ENST00000399410 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 CYP4F11-202ENST00000326742 2877 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 LIN9-201ENST00000328205 3567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRO-202ENST00000348962 5061 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 RNF122-201ENST00000256257 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 CBX3-202ENST00000396386 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 NMUR1-201ENST00000305141 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 COMP-201ENST00000222271 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 EDEM2-202ENST00000374492 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 PLXNC1-201ENST00000258526 7346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 KRBOX4-202ENST00000344302 2774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 ALG3-207ENST00000455059 1697 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 AL645937.2-201ENST00000396808 931 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 PNMA1-201ENST00000316836 2590 ntAPPRIS P1 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 PAX6-202ENST00000379107 2579 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 KATNBL1-201ENST00000256544 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 FGR-203ENST00000374005 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 EIF3J-AS1-201ENST00000313807 2863 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf43-206ENST00000368521 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF7-203ENST00000525266 1874 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 LZTS1-202ENST00000381569 5706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 GGT1-202ENST00000400380 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF30-202ENST00000439785 2651 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 MAP7-207ENST00000616617 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 DFNA5-201ENST00000342947 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85.8 ms