Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 RPS24-214ENST00000613865 538 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 AC012531.2-201ENST00000512206 1389 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 ATP6AP2-211ENST00000636196 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 F2RL1-201ENST00000296677 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 TRIM46-210ENST00000545012 2979 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 SPRY1-207ENST00000610581 2608 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 PGBD5-202ENST00000525115 1569 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
DKK3Q9UBP4 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 CCHCR1-202ENST00000396263 2490 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 C10orf62-201ENST00000370640 1208 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AL121983.1-201ENST00000424181 335 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 TMEM107-204ENST00000437139 747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AL049698.1-202ENST00000441716 757 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 CR769775.1-201ENST00000443347 931 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 FDPS-203ENST00000447866 1256 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 DUX4L47-201ENST00000566374 394 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AC244669.2-201ENST00000612320 853 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 RHOXF1P1-202ENST00000635473 501 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 FBN3-205ENST00000600128 9362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 CHI3L2-212ENST00000524472 1435 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 CASC3-201ENST00000264645 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 CTIF-202ENST00000382998 4407 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 FLT3LG-201ENST00000204637 1046 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 MPV17-206ENST00000402722 827 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AL031283.3-201ENST00000439788 727 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 CEP57L1-208ENST00000519095 908 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AP000808.2-201ENST00000542410 569 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 FHDC1-202ENST00000511601 6583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.8 ms