Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SFI1-209ENST00000443011 3579 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 HOXA-AS2-202ENST00000517635 2455 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 FER1L4-213ENST00000621044 2778 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TDRD5-204ENST00000444136 3946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TNFSF13-201ENST00000338784 1971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SLC35C2-213ENST00000543605 5740 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ADORA1-201ENST00000309502 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AGPAT1-201ENST00000336984 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PXN-221ENST00000637617 3246 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 HTR3E-202ENST00000415389 2139 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 HM13-201ENST00000335574 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ITFG1-201ENST00000320640 3400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CTBP1-AS2-206ENST00000581398 5652 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 LINC02395-201ENST00000546821 3157 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 STMN1-201ENST00000357865 1137 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 DCUN1D2-201ENST00000332592 2626 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 DBR1-201ENST00000260803 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SLC35A2-204ENST00000376521 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 DHX36-213ENST00000496811 6733 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 LINC00174-204ENST00000421767 4702 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SCAP-206ENST00000428413 3749 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AL669918.1-201ENST00000452392 2705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 USP28-214ENST00000545540 3431 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 MLST8-201ENST00000301724 1735 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PCNX1-202ENST00000439984 6988 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TMEM189-202ENST00000371652 7714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SPATA7-203ENST00000393545 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 FLII-201ENST00000327031 4338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 C21orf58-204ENST00000397682 2941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PPIL6-202ENST00000424445 4031 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 KIAA1191-201ENST00000298569 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 WSCD2-206ENST00000547525 4481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ATE1-203ENST00000369043 4900 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TSEN2-205ENST00000444864 2697 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ST20-AS1-201ENST00000560255 4223 ntBASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 LDLR-202ENST00000455727 2333 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 POM121-202ENST00000395270 7011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PMS1-221ENST00000624204 3417 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SEPT9-208ENST00000541152 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SCYL1-201ENST00000270176 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 OR2V1-205ENST00000642036 2609 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 B3GAT2-201ENST00000230053 6565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 RBM47-203ENST00000381795 4473 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ANKRD44-203ENST00000409153 2724 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MCM3AP-AS1-203ENST00000421927 2280 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.8 ms