Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 PHLDA1-203ENST00000619060 5913 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ABHD18-206ENST00000611882 1493 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 SLC6A2-204ENST00000561820 2268 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 DKFZP434H168-201ENST00000567381 1905 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 IGFBP5-201ENST00000233813 6215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 LMO4-201ENST00000370542 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 BLCAP-204ENST00000397135 685 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 KRTAP10-13P-201ENST00000412914 571 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AP000350.4-201ENST00000433835 788 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AL157373.2-201ENST00000437559 784 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 RNA5SP423-201ENST00000517127 109 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC136428.1-201ENST00000569103 349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC011447.3-204ENST00000585498 883 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 LINC00479-204ENST00000589300 718 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AL021578.1-201ENST00000613646 709 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ETV2-208ENST00000621247 941 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 IQCE-203ENST00000402050 6844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CACNA1I-203ENST00000404898 9892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 KIAA2026-201ENST00000381461 6884 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AL365209.1-201ENST00000624418 6473 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 SNRPN-202ENST00000390687 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AL354989.2-201ENST00000435838 1540 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 PCDHA4-203ENST00000530339 5251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 RHCE-202ENST00000340849 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 GPR17-202ENST00000393018 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 FNTAP2-201ENST00000430308 634 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 PTPA-218ENST00000435132 618 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AL358393.1-201ENST00000456771 532 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 APOA2-204ENST00000464492 530 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 RPSAP36-202ENST00000494591 1261 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 RPL27A-202ENST00000524496 558 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 DIO3OS-203ENST00000554441 1068 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 FOS-206ENST00000555347 1280 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AP000439.4-201ENST00000567742 664 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC022903.1-201ENST00000579327 469 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TMEM14B-220ENST00000612333 888 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CAMKK2-211ENST00000538733 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.7 ms