Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC078785.1-203ENST00000467342 573 ntTSL 4 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC009542.2-202ENST00000619004 1067 ntBASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CR381653.1-201ENST00000622961 812 ntTSL 3 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CHFR-204ENST00000443047 2990 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SRCIN1-215ENST00000621492 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 EHHADH-203ENST00000456310 2577 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SLC40A1-201ENST00000261024 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 PRMT9-201ENST00000322396 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 PTPRA-201ENST00000216877 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 BRAT1-201ENST00000340611 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MOGAT3-202ENST00000379423 933 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 LINC01665-201ENST00000422917 1241 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 LINC01806-201ENST00000436506 765 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 HARS2-202ENST00000448069 1426 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 UEVLD-212ENST00000541984 755 ntTSL 3 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC079316.1-201ENST00000548397 411 ntBASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ERH-203ENST00000557016 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 PSMC3-212ENST00000602866 1373 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SPRY1-207ENST00000610581 2608 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TMEM14B-220ENST00000612333 888 ntTSL 3 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AL160035.1-201ENST00000637583 576 ntTSL 4 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AFF3-202ENST00000409236 9849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ZNF777-201ENST00000247930 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 LINC00917-207ENST00000601556 2618 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC020658.6-201ENST00000623564 1870 ntBASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TP53I11-201ENST00000308212 3683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ELK4-202ENST00000357992 10239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 DYNC1I1-203ENST00000413338 958 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 LYPLAL1-AS1-201ENST00000441331 724 ntTSL 3 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 Z98752.1-201ENST00000442482 518 ntTSL 3 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 BTNL8-205ENST00000505126 1294 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 RNA5SP423-201ENST00000517127 109 ntBASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TNRC18-203ENST00000399537 10572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TNRC18-205ENST00000430969 10562 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 MYADML2-201ENST00000409745 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SYBU-207ENST00000433638 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AL359258.3-201ENST00000622910 2331 ntBASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 NOX5-204ENST00000455873 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 TDRP-205ENST00000613071 3421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CHD3Q12873 AC106881.1-201ENST00000605849 3329 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
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