Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 STUM-202ENST00000366789 4093 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 RIOX2-202ENST00000360258 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SLC34A1-201ENST00000324417 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 IL9R-202ENST00000369423 2032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ITFG1-201ENST00000320640 3400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 DMTN-205ENST00000432128 2508 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 LENG8-208ENST00000610347 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ZHX1-201ENST00000297857 5200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AP001627.1-201ENST00000437426 1754 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CEP78-203ENST00000376598 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC092384.2-204ENST00000565053 2566 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 C3orf62-201ENST00000343010 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ABCG4-205ENST00000619701 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SCFD2-201ENST00000388940 2221 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MOCS1-205ENST00000373195 2852 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CAVIN1-201ENST00000357037 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 RNF145-212ENST00000611185 3624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 OXTR-201ENST00000316793 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ADAM15-201ENST00000271836 2799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SALL3-201ENST00000536229 3997 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 GLG1-203ENST00000447066 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 VARS2-201ENST00000321897 4073 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AGTPBP1-208ENST00000628899 4222 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ABCB7-202ENST00000339447 2234 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 DDX50-206ENST00000610822 2510 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CA10-201ENST00000285273 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CYB561-219ENST00000584031 3200 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 VARS2-211ENST00000541562 3566 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 PDE7A-203ENST00000401827 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35C2-204ENST00000372230 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 HEATR3-201ENST00000299192 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 CA12-202ENST00000344366 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 HNF4G-201ENST00000354370 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 RNPS1-216ENST00000565678 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMCH1Q9UPQ0 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms