Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP28Q96RU2 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP28Q96RU2 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.5 ms