Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC26.5■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC26.5■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
SF3A1Q15459 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.1 ms