Protein–RNA interactions for Protein: P54753

EPHB3, Ephrin type-B receptor 3, humanhuman

Predictions only

Length 998 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EPHB3P54753 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
EPHB3P54753 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
EPHB3P54753 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
EPHB3P54753 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms