Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
LIMS1P48059 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
LIMS1P48059 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.3 ms