Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC3O75056 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC3O75056 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC3O75056 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC3O75056 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC3O75056 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC3O75056 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC3O75056 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC3O75056 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC3O75056 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC3O75056 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC3O75056 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC3O75056 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SDC3O75056 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
SDC3O75056 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SDC3O75056 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SDC3O75056 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SDC3O75056 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SDC3O75056 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDC3O75056 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDC3O75056 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDC3O75056 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDC3O75056 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDC3O75056 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDC3O75056 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDC3O75056 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SDC3O75056 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SDC3O75056 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SDC3O75056 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SDC3O75056 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SDC3O75056 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SDC3O75056 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SDC3O75056 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SDC3O75056 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SDC3O75056 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SDC3O75056 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
SDC3O75056 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SDC3O75056 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SDC3O75056 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SDC3O75056 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SDC3O75056 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SDC3O75056 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SDC3O75056 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SDC3O75056 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SDC3O75056 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SDC3O75056 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SDC3O75056 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SDC3O75056 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
SDC3O75056 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
SDC3O75056 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SDC3O75056 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SDC3O75056 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SDC3O75056 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SDC3O75056 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SDC3O75056 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SDC3O75056 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SDC3O75056 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SDC3O75056 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SDC3O75056 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDC3O75056 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDC3O75056 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDC3O75056 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDC3O75056 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDC3O75056 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDC3O75056 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDC3O75056 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDC3O75056 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDC3O75056 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDC3O75056 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDC3O75056 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDC3O75056 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SDC3O75056 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDC3O75056 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SDC3O75056 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SDC3O75056 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SDC3O75056 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SDC3O75056 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SDC3O75056 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SDC3O75056 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SDC3O75056 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SDC3O75056 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SDC3O75056 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SDC3O75056 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SDC3O75056 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SDC3O75056 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SDC3O75056 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
SDC3O75056 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SDC3O75056 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SDC3O75056 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SDC3O75056 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SDC3O75056 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SDC3O75056 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SDC3O75056 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SDC3O75056 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SDC3O75056 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SDC3O75056 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SDC3O75056 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SDC3O75056 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SDC3O75056 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SDC3O75056 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.3 ms