Protein–RNA interactions for Protein: A0A0J9YXS1

NPHP3-ACAD11, NPHP3-ACAD11 readthrough (NMD candidate) (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.3 ms