Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PCDHA10-201ENST00000307360 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ITGB7-201ENST00000267082 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NPAS2-201ENST00000335681 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ZNF334-202ENST00000457685 3487 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ANKRD44-203ENST00000409153 2724 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TMC6-216ENST00000590602 5268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TC2N-201ENST00000340892 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AL360270.3-201ENST00000609118 1348 ntBASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 EIF4G1-206ENST00000392537 5229 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GPD2-208ENST00000438166 2457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ANKMY1-207ENST00000403283 2874 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PPM1B-204ENST00000378551 3877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RSPH6A-202ENST00000597055 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 FBXO28-201ENST00000366862 5451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RAC2-203ENST00000405484 842 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 UPK1A-204ENST00000617999 1268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TM4SF19-AS1-203ENST00000452051 1829 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 KCNQ2-204ENST00000359125 3253 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 DUOXA1-210ENST00000559014 1965 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NF2-210ENST00000413209 4733 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CGB5-201ENST00000301408 841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 HLA-K-203ENST00000430151 1046 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.5 ms