Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC073082.1-201ENST00000602369 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ZNF570-201ENST00000330173 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 NR1H3-211ENST00000441012 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 GOLGA8DP-202ENST00000341390 2184 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MROH2A-201ENST00000389758 5355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 DNAJC7-202ENST00000426588 1774 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 RSPH6A-202ENST00000597055 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 EDN3-201ENST00000311585 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ZNF252P-AS1-201ENST00000527067 3236 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MAP3K12-201ENST00000267079 4319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 GAD2-201ENST00000259271 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SLC4A7-203ENST00000425128 7970 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 BRWD1-201ENST00000333229 10141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 LRCH1-202ENST00000389797 3314 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ADCYAP1-203ENST00000579794 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 IGSF1-204ENST00000370903 4594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CFAP53-201ENST00000398545 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ANKRD11-201ENST00000301030 9301 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms