Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PTK6-202ENST00000542869 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 HSD17B6-205ENST00000554643 1751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 TCF7-218ENST00000520958 1408 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ZBTB46-201ENST00000245663 5185 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SNRNP27-202ENST00000409116 1339 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PSMC5-209ENST00000580864 1552 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ANKRD44-203ENST00000409153 2724 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 LY9-204ENST00000368039 1364 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 MAP2K6-209ENST00000613873 1509 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 C1QB-201ENST00000314933 1044 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SIRPB2-203ENST00000444444 884 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AP000345.1-201ENST00000454863 569 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 IGHV3-71-201ENST00000523324 359 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 HIRIP3-204ENST00000564026 988 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SPATA21-206ENST00000612240 603 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 JAKMIP1-205ENST00000410077 1835 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AL928654.2-201ENST00000551271 2279 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 C20orf202-201ENST00000400633 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 GNG5-201ENST00000370641 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 KIF9-205ENST00000432493 633 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 OMP-201ENST00000529803 492 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CHI3L2-212ENST00000524472 1435 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LHX3Q9UBR4 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms