Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC131097.3-203ENST00000420272 1193 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC006335.1-201ENST00000445200 547 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC105389.3-201ENST00000508038 907 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 SNORD3B-2-202ENST00000571722 791 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 LHFPL3-201ENST00000401970 1378 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 DLG1-AS1-202ENST00000430666 1694 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PTOV1-214ENST00000600603 1443 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 NUDT1-201ENST00000339737 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 RAB36-202ENST00000341989 936 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 NUDT1-202ENST00000343985 771 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 VPS29-201ENST00000360579 1091 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 SMIM29-202ENST00000394990 792 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC073316.1-202ENST00000402115 988 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 Z82214.1-201ENST00000419643 988 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 ISCA2P1-201ENST00000425548 448 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 MIR663AHG-201ENST00000427348 1213 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PRSS30P-205ENST00000506153 699 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AF111169.4-201ENST00000556368 749 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AL132642.1-201ENST00000557646 553 ntTSL 4 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 C19orf25-205ENST00000588427 853 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AL132994.2-201ENST00000603120 687 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 IGHV1OR21-1-201ENST00000622028 353 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC020910.5-201ENST00000623668 1865 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 BNIP1-201ENST00000231668 1339 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC090515.2-201ENST00000500929 1396 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 KIF22-208ENST00000569382 2020 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 DLX4-202ENST00000411890 1404 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 TANGO2-205ENST00000401886 1559 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CDK3-202ENST00000448471 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 RN7SKP214-201ENST00000364208 315 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 DMAC2-203ENST00000417807 1065 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PDIA3P2-201ENST00000428073 158 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC092800.1-201ENST00000449492 579 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AP001547.1-201ENST00000527440 374 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CDIP1-202ENST00000562334 1205 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC011498.6-201ENST00000592034 510 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 DNAJC17-212ENST00000627802 428 ntTSL 4 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC011491.1-203ENST00000637688 543 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 MPZL2-202ENST00000438295 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PLA1A-205ENST00000494440 1775 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 BRMS1-201ENST00000359957 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC87Q9NVE4 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.6 ms