Protein–RNA interactions for Protein: P17096

HMGA1, High mobility group protein HMG-I/HMG-Y, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGA1P17096 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 PGA5-201ENST00000312403 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 LINC00996-201ENST00000477392 2043 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 BCYRN1-201ENST00000418539 200 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 AKIP1-210ENST00000534147 1022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 MIR4683-201ENST00000579659 81 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 AC004637.1-201ENST00000586675 482 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 AL606495.2-201ENST00000605867 535 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HMGA1P17096 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ACSL1-202ENST00000454703 3636 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 CRISPLD2-203ENST00000564567 1651 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 HENMT1-202ENST00000370032 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 WDR45-224ENST00000485908 1301 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 C9orf24-201ENST00000297623 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 HIST1H2AD-201ENST00000341023 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 PLA2G5-201ENST00000375108 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 C9orf24-205ENST00000379133 712 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 SMS-201ENST00000379404 1174 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 HNRNPA1P63-201ENST00000427917 963 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 PTPA-218ENST00000435132 618 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 PRSS30P-204ENST00000489864 650 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 BTNL8-205ENST00000505126 1294 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 IGHV3OR16-16-201ENST00000563644 343 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 Metazoa_SRP.166-201ENST00000612530 253 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 SUMO1-203ENST00000392246 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 AC245123.1-202ENST00000612422 1719 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 MROH4P-201ENST00000431302 1578 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HMGA1P17096 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms