Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 UBE3A-224ENST00000635914 9352 ntTSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AHCYL2-202ENST00000446544 5026 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PPP1R26-206ENST00000605660 4502 ntAPPRIS P1 BASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SEC63-201ENST00000369002 6411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 KIFC3-206ENST00000541240 3047 ntTSL 2 BASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC004943.2-201ENST00000563328 4842 ntTSL 3 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SORCS2-201ENST00000329016 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SNX30-201ENST00000374232 7622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PCYOX1L-201ENST00000274569 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TRPM2-AS-202ENST00000456880 2056 ntTSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TET2-207ENST00000513237 10166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TET2-209ENST00000540549 10166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 FAM198B-203ENST00000585682 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ERO1B-202ENST00000354619 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 KRT9-202ENST00000588431 1493 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PAQR8-202ENST00000442253 4738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 RET-202ENST00000355710 5659 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 KHNYN-201ENST00000251343 6725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ZC3H4-201ENST00000253048 6119 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TNRC18-203ENST00000399537 10572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TNRC18-205ENST00000430969 10562 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 POLR1D-212ENST00000630983 1931 ntTSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CRYBG1-204ENST00000633556 9909 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CDKN1A-202ENST00000373711 793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53 ms