Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 FRMD3-202ENST00000328788 964 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 RPL14-202ENST00000396203 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 THAP4-202ENST00000402136 785 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 FOXP4-AS1-203ENST00000439386 404 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 GLIS3-AS1-201ENST00000451340 734 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AC097103.2-206ENST00000514729 588 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AP003419.2-201ENST00000543494 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 RN7SL574P-201ENST00000581512 297 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 DIO1-215ENST00000610607 796 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 TUBB4B-201ENST00000340384 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 MRPL55-214ENST00000366741 603 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 MRPL55-218ENST00000366747 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 SDHAF4-201ENST00000370474 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 CSH2-203ENST00000392886 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 MIR663AHG-201ENST00000427348 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 TCEAL4-208ENST00000472484 1273 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AL136309.4-201ENST00000527831 640 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 CFL1-214ENST00000534769 758 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 C12orf73-211ENST00000553183 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 MAX-211ENST00000555667 574 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 VPS18-202ENST00000558474 873 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 CSH2-206ENST00000560142 749 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 LINC01229-204ENST00000568751 720 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 MIR3907-201ENST00000579424 151 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 CU633904.3-201ENST00000624042 1029 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 CYP4B1-215ENST00000640628 969 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 AC068587.8-201ENST00000641239 219 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 FKBP6-201ENST00000252037 1500 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 KCTD1-203ENST00000417602 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TCOF1Q13428 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 SH3GLB2-205ENST00000416629 1415 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 CHIA-206ENST00000430615 1320 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 SPDYE4-201ENST00000328794 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 MARK2P5-201ENST00000507649 634 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AF111169.4-201ENST00000556368 749 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC016044.1-201ENST00000560818 572 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AL023803.2-201ENST00000620080 638 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 CERS3-202ENST00000394113 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AL590440.2-201ENST00000641973 1595 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 DLX4-202ENST00000411890 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 RDH5-201ENST00000257895 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 VDAC1P1-201ENST00000439229 848 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC025165.3-201ENST00000471530 679 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC104784.1-201ENST00000473096 294 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 HNRNPA1P36-201ENST00000521313 955 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC134698.3-201ENST00000523880 214 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 RDH5-204ENST00000548082 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 RANGRF-205ENST00000580434 749 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 MIR4750-201ENST00000584564 56 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 SLC38A5-213ENST00000620913 1993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 HORMAD1-201ENST00000322343 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 PSMD13-203ENST00000431206 1591 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 PAF1-201ENST00000221265 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
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