Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 TMEM9-204ENST00000367334 1529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 C11orf16-201ENST00000326053 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ATP5H-201ENST00000301587 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 RBM38-204ENST00000371219 760 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 MRPL23-204ENST00000397297 613 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 AC011825.3-201ENST00000583184 565 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 SMIM22-209ENST00000591870 355 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 MEG3_2.1-201ENST00000611456 105 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 CCDC197-205ENST00000636493 1279 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 C12orf76-207ENST00000549724 1302 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 SERF2-201ENST00000249786 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 FKBP6-201ENST00000252037 1500 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ZDHHC4-204ENST00000396709 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ACYP1-201ENST00000238618 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 RN7SKP214-201ENST00000364208 315 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 PFN2-205ENST00000461868 613 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 CPLX2-209ENST00000515094 576 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 NDUFC2-204ENST00000528164 561 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 PGAM1P5-201ENST00000548011 764 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ZNF528-AS1-202ENST00000596746 929 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 EPHX1-202ENST00000366837 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 BRMS1-201ENST00000359957 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 NELFE-201ENST00000375425 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 VEGFB-202ENST00000426086 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 HLA-K-203ENST00000430151 1046 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 LINC00322-201ENST00000450205 699 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 AC133961.1-201ENST00000503085 762 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 TVP23C-205ENST00000518321 1080 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 NEU3-205ENST00000531619 582 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 MIR3677-201ENST00000578964 60 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 AL645941.3-201ENST00000580587 577 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 HIST1H4A-201ENST00000617569 312 ntAPPRIS P1 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 AC242376.2-201ENST00000619355 883 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 TLDC2-201ENST00000217320 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 CELF2-206ENST00000608830 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 SCML4-201ENST00000369020 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 CCDC121-202ENST00000394775 1472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 SCGN-203ENST00000612225 1402 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 CCDC197-206ENST00000640978 1429 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL4A4P53420 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms