Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 OPRL1-201ENST00000336866 3321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 TUSC3-201ENST00000382020 3683 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 TUBB4B-201ENST00000340384 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 RCOR1-201ENST00000262241 5754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 DIS3-202ENST00000377780 5232 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 COL11A2-201ENST00000341947 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 SLC23A1-201ENST00000348729 2299 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 FNDC1-201ENST00000297267 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 FHDC1-202ENST00000511601 6583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 SCYL1-205ENST00000524944 2715 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 TJP3-202ENST00000541714 3350 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 HOXA3-201ENST00000317201 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 ADCY7-208ENST00000566433 2535 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC28BQ9BUN5 KCTD7-206ENST00000639828 5951 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 ACKR3-201ENST00000272928 2203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 SIGLEC6-202ENST00000346477 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 HIST1H2AG-201ENST00000359193 2250 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 RNPS1-216ENST00000565678 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 ZFR2-201ENST00000262961 4756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 APCDD1L-201ENST00000371149 3426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AC060234.2-201ENST00000428825 1610 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 MEX3B-201ENST00000329713 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 LGALS8-203ENST00000341872 2437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 RRP1B-201ENST00000340648 5090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 NFATC1-205ENST00000427363 2832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 COQ8A-203ENST00000366779 5523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 CACTIN-203ENST00000429344 3612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 TMEM200A-204ENST00000617887 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 GDF11-201ENST00000257868 8657 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 MAX-219ENST00000618858 2141 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 DEF8-210ENST00000563594 4450 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 USP38-202ENST00000510377 4135 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 CD8A-203ENST00000409511 3048 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 OR2V1-205ENST00000642036 2609 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 PKM-220ENST00000568459 1806 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AC113367.3-201ENST00000508316 1912 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AC027601.5-201ENST00000624065 2482 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 TFE3-201ENST00000315869 3415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 USP28-214ENST00000545540 3431 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 GGT1-202ENST00000400380 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 ERC1-219ENST00000546231 4390 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 CDYL2-203ENST00000562812 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 CDYL2-204ENST00000563890 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 CDYL2-205ENST00000566173 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 HS2ST1-201ENST00000370550 6736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 IGDCC3-201ENST00000327987 4479 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 UNQ6494-202ENST00000617436 2163 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 ZNF655-212ENST00000424881 4666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 NRP2-205ENST00000412873 2730 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 SLC2A11-223ENST00000611880 3264 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.4 ms