Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 LRRFIP1-201ENST00000244815 4370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 FAM8A1-201ENST00000259963 4677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 ETV3-201ENST00000326786 1539 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 CHST3-201ENST00000373115 6970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 CGB5-201ENST00000301408 841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AC007611.1-201ENST00000568150 826 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SLC16A3-211ENST00000581287 4830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 EPHX2-207ENST00000521400 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AC017116.1-201ENST00000445938 708 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SDR39U1-212ENST00000555365 976 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 PRPS1-204ENST00000372435 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SARM1-208ENST00000585482 10309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 MAP7-207ENST00000616617 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 LINC00917-207ENST00000601556 2618 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 RABGAP1L-201ENST00000251507 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 FAM208A-201ENST00000355628 5239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms