Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MIR1247-201ENST00000408206 136 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AL121983.1-201ENST00000424181 335 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC026954.1-201ENST00000429771 1293 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 RPARP-AS1-201ENST00000473970 1297 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AP001007.1-201ENST00000526796 645 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 IGHV3OR16-16-201ENST00000563644 343 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TNNT1-212ENST00000588981 1163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC244669.2-201ENST00000612320 853 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC097634.3-201ENST00000613067 820 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC009542.2-202ENST00000619004 1067 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ELFN2-207ENST00000613079 8360 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ADAM22-204ENST00000398204 9334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 NID1-201ENST00000264187 5864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 KCNAB2-212ENST00000458166 1336 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 HIST1H2AJ-201ENST00000333151 387 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 GTF2A2-204ENST00000396063 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 H2AFV-206ENST00000437072 589 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC078785.1-203ENST00000467342 573 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 GDF11-201ENST00000257868 8657 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 KLK1-201ENST00000301420 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 CATSPERZ-201ENST00000328404 743 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TREML1-201ENST00000373127 1194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LINC01665-201ENST00000422917 1241 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 LARGE-AS1-202ENST00000424291 1065 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 KRT8P13-201ENST00000463294 1010 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 PGAP2-209ENST00000464261 830 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 RCAN1-212ENST00000492600 935 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USP39Q53GS9 TBC1D16-205ENST00000572862 1141 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms