Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AL445483.1-201ENST00000568695 736 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 TOMM7-207ENST00000621567 241 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC092506.1-204ENST00000634888 1066 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PIKFYVE-202ENST00000308862 1640 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ZDHHC4-204ENST00000396709 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 HSD17B6-205ENST00000554643 1751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 RPAIN-201ENST00000327154 815 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PDE6G-201ENST00000331056 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 GSG1L-201ENST00000380897 1173 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ERBB3-202ENST00000411731 1027 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 DNAJB1P1-201ENST00000429417 1024 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC078991.1-201ENST00000437297 610 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PFN2-205ENST00000461868 613 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PRKRA-211ENST00000487082 1211 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CPLX2-209ENST00000515094 576 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 MAX-211ENST00000555667 574 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SNORD3B-2-202ENST00000571722 791 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SMIM22-209ENST00000591870 355 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC132192.2-201ENST00000596206 1147 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC009955.4-201ENST00000597192 544 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AL136295.7-201ENST00000619226 1200 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SRSF3-208ENST00000620941 869 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 YRDCP1-201ENST00000621419 643 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CLUHP2-201ENST00000426660 1303 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 RASSF6-202ENST00000335049 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ZSCAN32-205ENST00000439568 1746 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 RPA3-201ENST00000223129 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SPERT-204ENST00000610924 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ATP5H-201ENST00000301587 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 OR9I1-201ENST00000302610 945 ntAPPRIS P1 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ALG1L-201ENST00000340333 805 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 MUC1-203ENST00000342482 537 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PFN2-202ENST00000423691 911 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 RPL37A-203ENST00000427280 698 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SAP30L-203ENST00000440364 792 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 RPL37A-206ENST00000456586 401 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC022858.1-201ENST00000521685 685 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AP003065.1-201ENST00000540912 562 ntTSL 4 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 FANCA-205ENST00000543736 1000 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SNHG14-213ENST00000551077 638 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC005901.1-201ENST00000592766 552 ntTSL 4 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 RPL37A-211ENST00000598925 775 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AL132994.2-201ENST00000603120 687 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 HDDC2-204ENST00000608295 879 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ALG1L-202ENST00000611639 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AP001065.2-201ENST00000617205 644 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ASPH-202ENST00000379449 1603 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.8 ms