Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 RCHY1-202ENST00000380840 1735 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 SMIM29-202ENST00000394990 792 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 HLA-DQB2-229ENST00000411527 1059 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 TLE1P1-201ENST00000422965 589 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 HNRNPA1P63-201ENST00000427917 963 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 AC016700.1-201ENST00000429424 312 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 AL139010.1-202ENST00000452528 1041 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 ATP6V0CP2-201ENST00000469409 207 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 AF111167.2-202ENST00000558267 599 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 AC136428.1-201ENST00000569103 349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 AC105105.3-201ENST00000585470 646 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 AL162426.1-201ENST00000624141 743 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 GPBAR1-203ENST00000521462 1465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 C11orf16-201ENST00000326053 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 SLC1A5-201ENST00000412532 1750 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 SDCCAG3P2-201ENST00000326105 1023 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 HIST2H2AA3-201ENST00000369159 549 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 NFYC-202ENST00000372651 1202 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 GAD1-203ENST00000375272 1252 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 MRPL23-204ENST00000397297 613 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 TMEM107-203ENST00000431792 455 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 AC126696.1-201ENST00000561567 756 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 C17orf50-202ENST00000604830 477 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 GNAI2-207ENST00000451956 1486 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 PYROXD2-201ENST00000370575 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 MAGEA5-201ENST00000446757 942 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 AC008267.1-201ENST00000474858 1069 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 AC007342.4-201ENST00000566383 584 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 INHBA-203ENST00000442711 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 KCNN2-201ENST00000264773 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 RAB5B-202ENST00000448789 1530 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 NFIX-208ENST00000587260 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 ACOT7-203ENST00000377845 1432 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 LINC00327-203ENST00000576696 1308 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 CYP1A1-203ENST00000395049 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 RAI2-204ENST00000451717 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 FAM83A-201ENST00000276699 1858 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 COX4I1-201ENST00000253452 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 CRYBA2-202ENST00000392096 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 FTLP1-201ENST00000449155 526 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 KLF3-AS1-204ENST00000505240 567 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 AC022217.1-201ENST00000521069 738 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 SDHD-202ENST00000525291 790 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 FAAP24-204ENST00000590179 784 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 CLEC11A-202ENST00000599973 1026 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 AP001505.2-201ENST00000616815 443 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 KLF3-AS1-207ENST00000620339 558 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 CCDC121-202ENST00000394775 1472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 CCNE1-202ENST00000357943 1641 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TCOF1Q13428 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
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